Il primo nucleo della Basilica di San Martino venne edificato nel V secolo: all’epoca la chiesa era dedicata al Salvatore ed all’Assunzione della Vergine, aveva orientamento nord/sud ed occupava l’area dove oggi si trova la zona presbiteriale. Secondo quanto riportato dallo storico Emanuele Lodi la chiesa venne posta sotto il titolo di San Martino Vescovo e Confessore nel 1008; in tale occasione l’edificio venne ricostruito grazie al contributo della Comunità: la chiesa venne orientata lungo l’asse est/ovest; fornita di tre navate e con lunghezza pari all’incirca alla lunghezza attuale. Posta sotto la giurisdizione del Prevosto della Pieve di Pontirolo Vecchio (attuale Canonica d’Adda) e sotto l’Archiepiscopo di Milano, a partire dall’XI secolo la chiesa dedicata alla Vergine Assunta e a San Martino viene gestita dalla ‘Schola dell’Assunta’, ente composto da membri eletti dalla Comunità: la Schola si occupava dell’amministrazione dei lasciti donati alla Chiesa, della distribuzione della beneficenza e dell’organizzazione delle funzioni religiose, provvedendo, tra le altre cose, all’olio per le lampade, alle candele, al vino per la Mensa. Nei secoli successivi la gestione della chiesa viene mantenuta dalla Schola dell’Assunta, che amministrava i numerosi lasciti e donazioni erogati sia dalla Comunità che da privati in favore della chiesa di San Martino; in particolare si ricorda un gesto che permane ancora oggi in uso: l’offerta della cera, che all’epoca veniva effettuata da parte dei Consoli della Comunità in occasioni quali il Natale e la festa di Santa Brigida. La sussistenza del clero presente a Treviglio era garantita da ‘benefici’ (offerte dedicate al clero) e dalle numerose ‘cappellanie’ presenti in San Martino: le ‘cappellanie’ erano donazioni che venivano effettuate in cambio della recita di particolari devozioni presso uno specifico altare; la dotazione della ‘cappella’ poteva essere costituita da beni immobili, quali case o terreni, oppure da rendite in danaro. Tra i lasciti testamentari in favore della chiesa di San Martino quello più importante e significativo per lo sviluppo della comunità religiosa fu sicuramente il lascito di Stefano Maldotti, che nel 1476 redigeva un testamento, confermato e ampliato nel 1484, nel quale istituiva e dotava di rendita fissa una ‘collegiata’, ovvero una comunità composta da più religiosi, tra i quali dovevano esserci sei curati, il cappellano della Schola dell’Assunta, i due cappellani degli altari di Sant’Antonio Abate e Sant’Antonio da Padova, e due chierici; tutti questi sacerdoti dovevano recitare ogni giorno le ore canoniche ed una messa cantata; il lascito Maldotti da avvio al Capitolo di San Martino, che perdurerà fino alla soppressione ad opera della Repubblica Cisalpina, avvenuta nel 1798. L’importanza del testamento di Stefano Maldotti è da rinvenire nel fatto che non solo diede stabilità economica alla comunità religiosa trevigliese ma contribuì ad un rinnovato fervore nei confronti della chiesa di San Martino, che venne dotata negli anni successivi di altre cappellanie ed opere d’arte che ne aumentarono il prestigio nel territorio. Una data particolarmente significativa per la chiesa di San Martino è il 1482, anno in cui la Comunità deliberò l’ampliamento dell’edificio, che venne innalzato e trasformato in forme gotiche; il concorso del Comune nella nuova fabbrica fu fondamentale, anche perché diede avvio alla fondazione della ‘Fabbriceria di San Martino’, costituita da membri eletti dalla Comunità, che sostituì nei compiti amministrativi la Schola dell’Assunta, nel frattempo divenuta Pio Luogo dell’Assunta, con funzione legata prevalentemente all’attività caritativa. Nel XVI secolo avvengono due episodi particolarmente importanti per la vita religiosa di Treviglio: il Miracolo della Beata Vergine delle Lacrime, nel 1522, e l’elevazione della chiesa di San Martino a Prepositurale Pievana e Collegiata, avvenuta nel 1583 a seguito della soppressione della Pieve di Pontirolo da parte del Cardinale Carlo Borromeo. La Collegiata di Treviglio era composta da sei curati, dei quali uno aveva il titolo di Prevosto, uno era nominato Teologo e gli altri erano Canonici; i sei curati erano affiancati da nove cappellani e otto chierici, che svolgevano varie funzioni tra le quali la cura delle numerose Cappellanie presenti in San Martino. Inizialmente sotto la giurisdizione della Collegiata di Treviglio vi erano diciassette parrocchie, parte in Repubblica di Venezia e parte nel Ducato di Milano ma, in seguito all’opposizione dei veneziani, alla fine del Cinquecento le parrocchie sottoposte a Treviglio erano divenute tre: Pontirolo Vecchio (attuale Canonica d’Adda); Pontirolo Nuovo e Castel Rozzone. Il Seicento è caratterizzato da un costante aumento del prestigio della Prepositurale di San Martino, testimoniato oltre che da cospicui lasciti testamentari, tra cui il lascito Penarojas, anche dalle numerose Confraternite che vi vengono istituite (tra le quali si citano la Confraternita dell’Assunta, con ruolo di Fabbriceria; la Confraternita del Santissimo Sacramento; la Confraternita della Dottrina Cristiana; la Confraternita del Santo Rosario; la Confraternita della Madonna di Monserrat, con circa 1500 aderenti; la Confraternita della Croce) e dalle frequenti solenni processioni, descritte con dovizia di particolari nelle cronache dell’epoca. Tra le processioni si cita quella avvenuta nel 1622, quando vennero portate le reliquie di Santa Paolina nel Monastero di San Pietro, e quella del 1624, in occasione dell’arrivo da Roma delle reliquie di sette martiri, oggi conservate nella prima cappella della navata sinistra (per l’occasione vennero realizzati i quadri raffiguranti i Martiri oggi esposti ai pilastri della navata centrale). Nel XVIII secolo il Capitolo di Treviglio arrivò ad avere trentun sacerdoti e parecchi possedimenti, costituiti da case e terreni che producevano un cospicuo reddito (calcolato, nel 1780, in 336.20 pertiche, con una rendita netta di 3083 lire); il riconoscimento del valore della Collegiata fu tale che nel 1768 il Papa concesse al prevosto di indossare ‘sopra il rocchetto la cappa magna di colore violaceo guarnita di pelli d’ermellino, e di usare la ‘ferula’, un bastone di legno ornato con tre lamine d’argento e con un piccolo globo alla sommità’. Meno felici furono gli ultimi anni del secolo, quando la Repubblica Cisalpina soppresse dapprima tutte le confraternite ed in seguito, nel 1798, il Capitolo di Treviglio; seguirono anni di confusione nella gestione della prepositurale, che contava venticinque sacerdoti, in parte spogliati delle prebende necessarie allo svolgimento delle loro funzioni. Tra la fine del Settecento e l’inizio dell’Ottocento si cercò di ripristinare il Capitolo di Treviglio con tutti gli antichi privilegi di cui godeva ma invano: nel l810 il Capitolo cessava di esistere giuridicamente per lo Stato, anche se l’autorità ecclesiastica continuò a riconoscerne la validità, come ribadito nella Nuova Costituzione Capitolare della Collegiata di San Martino in Treviglio, approvata dal Cardinal Ildefonso Scushter nel 1941. Nel 1951 alla chiesa di San Martino viene attribuito il titolo di Basilica Romana Minore, onorificenza assegnata direttamente dal Papa ad edifici di particolare importanza nel territorio. Attualmente la Parrocchia di San Martino, il cui Prevosto ha il titolo di Monsignore e gode del beneficio di indossare la mitra durante le celebrazioni solenni, è a capo del Decanato di Treviglio, di cui fanno parte le Parrocchie: San Giovanni Evangelista di Canonica d’Adda, San Bernardo di Castel Rozzone, Sant’Alessandro di Fara Gera d’Adda, San Michele Arcangelo di Pontirolo Nuovo e, nel territorio di Treviglio, S. Nome di Maria (Geromina), Santa Maria Annunciata (Conventino), San Pietro Apostolo (Zona Nord), San Zeno.