L’idea di erigere una Chiesa nel quartiere Ovest è nata dalla volontà di un sacerdote, Don Franco Boldoni , ( morto nel 1966) il quale ha espressamente dichiarato nel suo testamento olografo di lasciare alla Parrocchia S. Martino un complesso di beni immobili denominato Cascinetto Boldoni con annesso terreno e vincolò il suo lascito alla costruzione , in zona Ovest, di una chiesa che fosse riferimento religioso per la crescente comunità.

Alla fine degli anni 70 Mons. Giuseppe Molinari Vicario di Mons. Pietro Cazzulani, prese a cuore il progetto di realizzare quanto prima una Chiesa nel Quartiere. Affidò ai P. Monfortani, che hanno la loro casa nel quartiere, nella persona di P. Sandro M. Leidi, la Vicaria dell’erigenda Chiesa e venne spontaneo da parte di tutti , il desiderio di intitolare la nuova Chiesa a S. Francesco d’Assisi, primo, perchè il Santo aveva soggiornato a Treviglio , secondo per ricordare Don Franco Boldoni , che nel suo testamento aveva previsto tale titolazione. La vigilia di Natale del 1983 a mezzanotte in punto, Mons. Molinari con l’assistenza di Padre Sandro Maria Leidi iniziava la celebrazione della Prima S. Messa, nella nuova Chiesa ( non perfettamente ultimata).